Le Président et le Vice-Président sont élus au scrutin secret par la majorité des membres. Ils sont élus pour trois ans et sont rééligibles. Le Président dirige les travaux et contrôle les services du Tribunal, et représente le Tribunal à l'égard des tiers. Le Président préside toutes les séances du Tribunal. En cas de partage égal des voix, la voix du Président est prépondérante. Le Président est également membre de droit de la Chambre de procédure sommaire. Le Président préside toute chambre spéciale dont il est membre.
Le Vice-Président exerce les fonctions du Président lorsque la présidence est vacante ou que le Président du Tribunal est empêché de l'exercer. Le Vice-Président est membre de droit de la Chambre de procédure sommaire et préside toute chambre spéciale dont il est membre lorsque celle-ci ne compte pas parmi ses membres le Président.
Le 1er octobre 2011, le Tribunal a élu M. Shunji Yanai Président du Tribunal pour la période 2011-2014, à dater du 1er octobre 2011, et M. Albert J. Hoffmann Vice-Président du Tribunal pour la période 2011-2014, à dater du 1er octobre 2011.
Les juges dont les noms suivent ont exercé les fonctions de Président ou de Vice-Président avant les titulaires actuels des postes en question :
| Président | Vice-Président |
1996 - 1999 | Thomas Mensah | Rüdiger Wolfrum |
1999 - 2002 | P. Chandrasekhara Rao | L. Dolliver M. Nelson |
2002 - 2005 | L. Dolliver M. Nelson | Budislav Vukas |
2005 - 2008 | Rüdiger Wolfrum | Joseph Akl |
2008 - 2011 | José Luis Jesus | Helmut Tuerk |